Rost verbleef gedurende de meidagen van 1940 samen met de twintig andere geïnterneerden in het fort 'Prins Frederik' te Ooltgensplaat op Overflakkee. Met de hete adem van de Duitsers in de nek verplaatsten de Nederlandse autoriteiten deze groep naar het Franse Calais. Na de capitulatie werden de gevangenen uiteindelijk bevrijd door de Duitsers en keerde Rost weer terug naar Nederland.

In de nieuwe omstandigheden wilde Rost zich los maken van de 'burgerman' Mussert en opwerpen als de belangrijkste Nederlandse nationaalsocialist. Het liep allemaal anders.

De Duitsers hielden zich aanvankelijk verre van de - weinig populaire - Nederlandse nationaalsocialisten. Wel benoemde Seyss-Inquart Rost van Tonningen in juli 1940 tot Kommisar für die Marxistische Parteien. Rost moest arbeiders voor het "nieuwe Europa" winnen. Eind 1940 trouwde hij met Florentine ("Florrie") Sophie Heubel (1914-2007). Met Florrie kreeg hij drie zonen.

De ambitie van Rost om hogerop te komen in de nazi-hiërarchie werd ernstig belemmerd door het feit dat Rost, vanwege zijn Indische afkomst, niet de raszuiverheid van zijn stamboom kon aantonen. Sinjo Rost grapten de tegenstanders. Ook had hij met de jonge ambitieuze leider van de Nederlandsche SS Henk Feldmeijer er een concurrent bij gekregen binnen de radicale, groot-Duitse vleugel van de NSB.

Gedurende de oorlogsjaren liepen de spanningen met Mussert steeds hoger op. De Duitsers lieten de NSB-leider niet vallen, vooral omdat de NSB gold als een aantrekkelijk reservoir voor de rekrutering van vrijwilligers voor de Waffen-SS en allerlei ondersteunende organisaties zoals bijvoorbeeld de Nationalsozialistches Kraftfahrer Korps (NSSK).

De pogingen van Rost om de Nederlandse arbeiders voor het nationaalsocialisme te winnen, liepen op niets uit. In maart 1941 benoemde Rijkscommissaris Arthur Seyss-Inquart hem tot president van de Nederlandsche Bank. Een maand later werd hij geïnstalleerd als waarnemend secretaris-generaal bij het departement van Financiën en tot secretaris-generaal van Bijzondere Economische Zaken. Dit beperkte zijn politieke bewegingsruimte. Het was de Duitse bezetter die de koers bepaalde.

In 1942 richtte Rost van Tonningen zich als president van de Nederlandse Oost Compagnie op Oost-Europa. Deze organisatie hield zich bezig met de inzet van Nederlanders ten behoeve van de 'germanisering' van het oosten. Ook dit initiatief ontaardde in een mislukking.

Een gedesillusioneerde Rost van Tonningen nam in juni 1944 dienst bij de Landstorm (een militaire formatie gelieerd aan de Waffen-SS) en vertrok in maart 1945 naar het front in de Betuwe. Op 8 mei namen de Canadezen hem krijgsgevangen.

In zijn hoedanigheid van president van De Nederlandsche Bank voert Rost van Tonningen het woord.
Het huwelijk van Rost van Tonningen met Florrie S. Heubel, 21 december 1940 te Hilversum
Aankondiging van redevoering van Rost van Tonningen te Groningen (1942)