Rost zat eerst vast in Utrecht en werd daarna, op 4 juni, overgedragen aan de Nederlandse politie en opgesloten in de Scheveningse Stafgevangenis. In de ochtend van 6 juni 1945 pleegde Rost volgens biograaf David Barnouw zelfmoord door van een hoge balustrade af te springen. De zelfmoord van Rost van Tonningen is omstreden, omdat het bewijsmateriaal niet volledig sluitend is. Al eerder had Rost een zelfmoordpoging ondernomen. Het gevangenisregime stond bekend als uitermate repressief, maar Rost verbleef slechts korte tijd in Scheveningen.

Florrie Rost van Tonningen, die later de bijnaam ‘De Zwarte Weduwe’ kreeg, heeft altijd beweerd dat haar man vermoord is. Tot aan haar dood in 2007 heeft zij het gedachtegoed van haar man verdedigd. Dit deed zij onder andere door bijeenkomsten te houden in haar huis en het schrijven van haar biografie Op zoek naar mijn huwelijksring, waarin zij prins Bernhard verantwoordelijk stelt voor de dood van haar man. In 1986 ontstond er enige publieke ophef over het staatspensioen dat de weduwe genoot op grond van het Tweede Kamerlidmaatschap van haar man. Tot op late leeftijd heeft Florrie Rost van Tonningen verscheidene interviews gegeven, onder andere bij het televisieprogramma ‘Het Zwarte Schaap’ in 2000, waarin zij opnieuw het nazi-gedachtegoed overbracht en ontkende dat de Holocaust heeft plaatsgevonden. In 2012 verscheen In Niemandsland, waarin Ebbe Rost van Tonningen zijn leven als 'zoon van' beschrijft.

Verhoor van Rost van Tonningen door Canadese veiligheidsdienst
De Telegraaf, 5 december 1986
Het Zwarte Schaap, 1 juli 2000