In de eerste periode van het bestaan van het instituut was het verzamelen van materiaal over Nederland en Nederlands-Indië tijdens de Tweede Wereldoorlog de belangrijkste taak. Via radio-oproepen, dagbladadvertenties en affiches werd de bevolking in Nederland gevraagd documentatie af te staan. Belangrijke stukken, zoals dagboeken, briefwisselingen en fotoalbums, werden aan het instituut overgedragen. Regelmatig gingen medewerkers van het documentatiecentrum ook zelf actief op zoek naar materiaal. Zo ontdekten dr. Loe de Jong en adjunct-directeur dr. A.E. Cohen in 1946 in Münster een groot deel van het archief van het Reichskommissariat in den Niederlanden.

Naast het verzamelen en inventariseren van al deze documenten verrichte het Rijksinstituut ook onderzoek. Ongetwijfeld is het bekendste werk 'Het Koninkrijk der Nederlanden in de Tweede Wereldoorlog' van Loe de Jong. Het eerste deel kwam uit in 1969 en het laatste in 1988. Naast dit ‘levenswerk’ werden er door andere medewerkers van het instituut tal van andere studies gepubliceerd die inmiddels tot de klassieken worden gerekend binnen de historiografie over de Tweede Wereldoorlog in Nederland en voormalig Nederlands-Indië.

Dr. Loe de Jong in het RIOD-archief
Het RIOD-archief, ca. 1950