Met de opdracht van de Nederlandse regering in 1996 om onderzoek te doen naar de val van de enclave Srebrenica in Bosnië en de Nederlandse betrokkenheid bij het conflict, begaf het NIOD zich voor het grote publiek voor het eerst op een ander onderzoeksterrein dan waar het zo bekend om was geworden. Het onderzoek bood het NIOD de mogelijkheid om de maatschappelijke en internationale vragen over ‘Srebrenica’ aan de hand van intensief onderzoek te beantwoorden.

Op 10 april 2002 verscheen het rapport 'Srebrenica. Een ‘veilig’ gebied. Reconstructie, achtergronden, gevolgen en analyses van de val van een Safe Area'. Als gevolg van het rapport trad het tweede kabinet-Kok af. De Tweede Kamer stelde vervolgens een parlementaire enquête in.

Naast het Srebrenica-rapport verbreedde het onderzoek van het NIOD zich ook op andere wijze. Het aantal wetenschappelijke en maatschappelijke partners in binnen- en buitenland nam aanzienlijk toe.

NIOD-directeur Blom rapporteert over de bevindingen